La estructura organizativa de la Autoridad Portuaria de Valencia se compone de los siguientes elementos principales:

-          Un Consejo de Administración en el que están representados el Ministerio de Fomento, la Generalitat Valenciana, los Ayuntamientos de Valencia, Sagunto y Gandía, organizaciones patronales y sindicales, y miembros de la Comunidad Portuaria.

-          Un equipo humano compuesto por más de 400 profesionales que se encuentran entre los mejor capacitados del sector.

Adicionalmente, la Autoridad Portuaria de Valencia cuenta con participaciones accionariales en diversas sociedades mercantiles que desarrollan actividades vinculadas a la explotación portuaria.